L’esperienza della vita in solitudine o eremitica alla ricerca di Dio, nella preghiera e nella vita sobria, è all’origine della stessa vita monastica, come anche dell’Ordine carmelitano, ma con una connotazione comunitaria.
Infatti, sul finire del sec. XII, sul Monte Carmelo in Palestina, un gruppo di eremiti si riunirono in comunità, attorno ad una chiesetta dedicata alla Beata Vergine Maria, seguendo una regola data loro da S. Alberto, Patriarca di Gerusalemme.
Il ritiro in solitudine e il silenzio rimangono il motivo ispiratore della loro esperienza religiosa, vissuti però nella comunione della mensa della Parola (Eucarestia-Liturgia), del pane (refettorio), del servizio (lavoro), della condivisione fraterna (Riunione Capitolare – ricreazione).
Le vicende storiche, con l’invasione musulmana e conseguente fuga in Occidente, costrinsero l’Ordine ad abbandonare la forma di vita eremitica; tuttavia questo spirito rimase nel suo DNA.
Nel sec. XVI, con la Riforma di S. Teresa, che si proponeva un ritorno allo spirito della Regola primitiva, il desiderio della solitudine dell’eremo riprese nuovo slancio.
Nel 1614 il capitolo generale dei Carmelitani Scalzi decise la fondazione immediata di una casa eremitica in Italia, affidando il compito ai religiosi del convento di Genova. Padre Angelo di Gesù Maria si assunse l’onere di portare avanti il progetto e fu scelta un’area nell’entroterra di Varazze: Il 6 aprile 1616 fu posta la prima pietra della chiesa dedicata a San Giovanni Battista ed il 16 luglio 1618, solennità della Madonna del Carmelo, fu inaugurato l’Eremo, anche se i lavori durarono ancora un quindicennio. Il Deserto, ambiente perfetto per il raccoglimento, divenne così ritiro di diversi missionari che si accingevano a intraprendere la loro attività apostolica: il più noto fu Padre Prospero dello Spirito Santo.
Il numero dei frati, tra XVII e prima parte del XVIII secolo, rimase stabile, le proprietà invece si estesero grazie a successive acquisizioni.
La massima espansione territoriale, circa 133 ettari, fu raggiunta tuttavia nel XVIII secolo.
Dopo le soppressioni napoleoniche (1799) e la confisca da parte dello stato (1858) l’Ordine vi s’insediò nuovamente.
A seguito di alterne vicende, soprattutto per l’opera di Padre Emanuele Carattino, la proprietà venne riacquistata e fu avviata la trasformazione del convento in seminario minore (1921-1928).
Nel 1927 fu avviata la costruzione della nuova chiesa, con notevoli trasformazioni dell’edificio originario.
Il Deserto, dopo aver accolto il seminario minore è oggi casa di preghiera e dal 1978 sede del noviziato della Provincia ligure dei Carmelitani Scalzi.
